Jill découvre l'existence des rebelles contre le F.L.T qui est accusé de corruption dont ils sont capturés par eux dans un piège, sont ensuite soupçonnés d'espionnage et devront démontrés qu'ils ne sont pas des espions en relatant toutes leurs aventures précédente.

Le capitaine KOTCHOV s'échappe du quartier général du F.L.T au Nevada avec les plans de cette base souterraine mais prend un coup de poignard près du cœur et arrive à peine à atteindre Rian et ses amis chez les rebelles. La base est donc attaquée en étant aussi bombardé à ses extrémités hors du sol, MAREK meurt sous les décombres pendant que Rian affronte le professeur LEM dans une pièce où se trouve au milieu une fontaine d'eau devenant du sang à cause de la bataille en cours. Avec ses attaques de combustions spontané, le professeur LEM le complimente qu'il a fait d’énormes progrès tout en ayant la peau du visage qui fond et Rian qui s'était injecté aussi le NALCON se sert de son onde de choc pour détruire les circuits du professeur LEM qui brûle en fonçant sur Rian mais Jill saute sur Rian afin de lui faire esquiver le corps incandescent du professeur LEM qui se jette directement dans la fontaine et Jill lui lance un fil électrique à très haute tension qui lui grille complètement les circuits. Après cet exploit, Rainbow BIRDMAN (un personnage mystérieux) apparaît dans une pièce toute sombre en regardant la vidéo de surveillance sur ce qu'il vient de se passer en souriant d'un air machiavélique. 

Le professeur LEM raconte son histoire avant de mourir comme quoi il n'a pas résister à la tentation de devenir immortel en faisant télécharger sa conscience par qui Rian saura que la conscience de LEM a était téléchargé dans un cyborg à son image. Rian aura des visions de sa vie où il verra sa maison qu'il ne sait pas où elle se trouve.

Rian ayant une nouvelle vision et vient d’apprendre par les infos que des bouleversements ont été observés sur tout le globe ainsi que sur le comportement des animaux car Jill contacte un zoo et l’université scientifique pour leur demander ce qu’il se passe et eux ne répondent qu’une comète va frôler la Terre mais Jill voit qu’il y a une météorite qui peut se séparer en deux pour dévier la trajectoire de la comète. Pendant ce temps, l’armée de Marek détient la bombe à trou noir. Jill décide de cambrioler le bunker où se trouve l’arme mais elle tombe dans un piège car la sécurité est renforcée mais Rian vient en renfort pour que lui et Jill récupère l’arme car ils profitent de l’effet de surprise de l’intervention de la N.D.S.A par Tia qui est en mauvaise posture face à Rian qui lui laisse la vie sauve puis elle se pose la question pourquoi la t’il laissé en vie.

Rian se rappelle de sa vision de la comète et va vérifier dans un observatoire et finit par convaincre Jill en lui disant qu'elle va se séparer en deux pour toucher la Terre. Ils cambriolent donc une base de la N.A.S.A pour voler un vaisseau mais un autre vaisseau qui est de guerre les poursuit jusqu'à la lune dont le vaisseau où se trouve Rian et Jill se fait abattre et se crashe sur la lune.

Les soldats cherchent le vaisseau écrasé sur la lune mais Rian et Jill se cachent puis volent le vaisseau dont Rian tombe dans une grotte de glace par une fissure. Il ne peut se servir de son onde de choc car sa combinaison risque de se déchirer.